阿尔金山国家级自然保护区有国家一级保护动物17种，活跃着藏野驴、野牦牛、藏羚羊、藏原羚、鼠兔、黑颈鹤等珍稀动物，生物多样性日益丰富。据2022年科考统计，这里有野牦牛近1.2万头，藏羚羊约6.5万只，藏野驴约5万头。